万佛寺原址位于海拉尔城区中心，始建于清代，至今已有两百余年历史。期间，寺院曾在抗战中被毁坏，解放后人民政府和佛教界集资修缮，后又于文革中全毁。自改革开放落实宗教政策以来，寺院重建工作得到自治区各级政府的高度重视与大力支持，批准在海拉尔区北山上易地重建。万佛寺位于内蒙古自治区呼伦贝尔市海拉尔区北郊两河圣山旅游文化景区内，距离市区约５公里。寺院所处环境交通便利，风景如画。巍峨壮丽、气势宏伟的万佛寺，宛如一颗璀璨的明珠镶嵌在碧草蓝天之间。 万佛寺总体设计由精于古寺建筑的怀善大和尚所定，十方善信护持，2010年动土，历时4年竣工，总用地面积190590平方米，总建筑面积18585平方米，总占地面积 152152 平方米。
万佛寺西面是藏传佛教的达尔吉林寺与慈积金刚舍利塔，西南方有１：１比例兴建的天竺佛陀八大圣地，此四大佛教圣域形成了一座占地八千余亩的佛教文化苑。
万佛寺坐北朝南，中轴线上殿堂依次为三门、天王殿、大雄宝殿、法堂、八角九层重檐楼阁式万佛宝塔，塔内供奉万尊佛像，宝塔高耸云表，缥缈于烟霞之间，宛若圣境）。东西两侧分别是钟楼、鼓楼、客堂、伽蓝殿、药师殿、祖师殿、地藏殿、观音殿、云水寮、尊客寮、禅堂、上客堂等附属建筑。大雄宝殿位于寺院中心，殿内三尊主佛，结跏趺坐于莲花台上，正中为释迦牟尼佛，左侧为东方琉璃世界药师佛，右侧为西方极乐世界阿弥陀佛。此三尊佛像雄伟、庄严、慈悲、安详，融合了我国传统造像及藏传、南传佛教造像特点。
