公雅寺位于青海玉树州囊谦县的两座神山，据称是大护法国渣(KUGYAI)及扎打(JADAK)的圣地，故称国渣山及扎打山。同时，据著名的伏藏大师第一世秋吉林巴称他所见到的这两座神山既是观世音菩萨的坛城地，亦是金刚亥母的圣地。
第一世秋吉林巴在到达公雅寺的途中，净观到极奇异的景象，在公雅寺上空出现了释迦牟尼佛，围绕着有人大菩萨及千佛，散发无量与无边的光，同时在公雅寺的另一上空显像出历世大宝法王的佛行事业，其中包括第十七世大宝法王与泰锡度仁波切在一起心连心的预言景像。秋吉林巴称一生中所见的预言景像甚多，而在公雅上空所见最为殊胜。
距离公雅寺约二十五分钟车程可抵达著名的莲花生大士的修法圣地-藏名意译为“百个神山之首”。据称绕着神山一周的功德相当于诵一千万遍莲花生大士的心咒，故称为神山之首。(绕山一周约1个多小时)。 第七世大宝法王却札嘉措的弟子江扎桑杰巴增和萨当塔巴江钦依止大宝法王努力修学，得到一定成就。噶玛巴就指示他们去找一座如刀状的山峰并在那里兴建道场利益众生。他告诉弟子，那个地方非常殊胜，是观世音的净土。两位弟子依照上师噶玛巴的指示找到了现在的公雅寺的所在地，安住下来，度化利益很多牧民。这就是公雅寺的前身。
公雅寺是当地十大寺庙之一。寺院有桑杰丹增仁波切的转世、班巴仁波切、巴金仁波切、白玛仁波切、仁格仁波切等九位仁波切，历史上涌现出许多成就者。今天的公雅寺包括两座寺院、一个佛学院、两个大经堂、三个闭关中心和两座女尼庵堂。寺院现有三百多位喇嘛，两百多位阿尼和一百多位小喇嘛。
旧经堂大殿是桑杰丹增老仁波切文革后历尽艰辛重建起来的，而位于县城的世界和平法会大经堂、公雅寺莲师宫殿、阿尼左钦寺大殿、阿尼闭关中心等则是巴金仁波切秉承老仁波切悲愿不辞劳苦陆续圆满建成的。
