瞿昙寺，藏语称“卓仓拉果丹代”，亦称“卓仓多杰羌”，意为“乐都持金刚佛寺”位于青海省海东州乐都县曲坛乡所在地，南距县城约17公里。该寺是乐都南山地区最大的寺院。 瞿昙寺创建于明洪二十五年(1392年)，开创者三罗喇嘛桑杰扎西，明朝受封西宁僧纲司都纲，是西宁卫的宗教首领。该寺的创建及后来的扩建，都得到明王朝的大刀扶持，明太祖朱无璋书匾赐名“瞿昙寺”，以后历代亦多次赐匾额、修佛堂、立碑记、封国师、赐印诰，影响颇大。
瞿昙寺原属藏传佛教噶玛噶举派寺院，明末格鲁派崛起后，改宗格鲁派，出现了智合仓、卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓三个转世活佛系统。其中智合仓以该寺开创者海喇嘛为第一世，成为该寺寺主。实际智合仓的转世系统始于康熙年间受封为“灌顶净觉弘济大国师”的班觉丹增。二世罗桑丹具尼玛、三世噶丹增嘉措、四世罗桑噶桑嘉措曾先后担任搭尔寺第三十六任、五十六任、七十六任法台。卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓系统的罗桑贡却尼玛和噶扎西嘉措，曾任搭尔寺曼巴扎仓第十五任堪布和塔尔寺居巴仓第三十九任堪布及五十任法台。历史上瞿昙寺曾领属十三寺。
作为我国西北地区保存最完整、规模宏阔而又质量精良的明朝寺院，瞿昙寺被列为全国重点文物保护单位。1949年后多次拨款维修。整个寺院依山傍水，高低错落，气势宏伟。全寺共三个院落，由山门、左右碑亭、金刚段、瞿昙寺殿、宝光殿、隆国殿、护法殿、三世殿以及左右迥廊、钟鼓楼等主要建筑组成，有“小故宫”之美称。全寺建筑共占地41.36亩，以瞿昙寺殿(明洪武二十五年)、宝光殿(明永乐十六年)、隆国殿(明宣德二年)为主体建筑，整个布局及殿堂装饰具有明朝宫殿风格。寺内现存明朝汉藏文对照御制碑和明清匾额十块、明宣德二年铸造的青铜巨钟一口、香炉三鼎、明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠、石雕米拉日巴像，以及明清统治者所赐金印、象牙塔、景泰蓝花瓶等多珍贵文物。该寺厢廊壁画约四百平方米，主要内容为佛本生故事，构思奇巧、形象逼真、技法纯熟，风格似敦煌壁画，具有极高的艺术和研究价值，堪为国家级至宝。殿堂建筑中，以隆国殿最为富丽堂皇，型制独特。其月台石栏、殿堂隔扇雕造雄浑精美，被誉为明朝小木作中的杰作。寺内佛塔四座，以度母塔最为古老。珍藏《甘珠尔》《丹珠尔》、《宗喀巴大师文集》等佛经著述三百余部，并有自印度迎请的舍利近百粒，供奉于佛塔中。重要植物有明末清初所植树的白旃檀树。 瞿昙寺兴于明朝，清中叶后渐衰。1949年前寺僧六十余人。1958年后，瞿昙寺成为全省被保留的十一座藏传寺院之一，“文革”期间关闭，1980年重新开放。
