万华禅院位于贵州省平坝县境内的高峰山上。高峰山是西南旅游胜地，奇峰耸立，怪石嵯峨。中央峰高约1000米，自北面登上山腰，进入一个小山口，中间有一块五亩大上的盆地，万华禅院便坐落其中。禅院周围群峰环绕，左边山岭突起三峰，为面壁峰、玉异峰、宝塔峰、右边山岭也有三峰，为福寿峰、天门峰、莲花峰。此地层峦叠翠，古木参天，景致十分优美。其中有号称“高峰八景”的“独印把关”、“乌鸦早朝”、“平地烟霞”、“怪石蟋龙”、“玉屏夹道”、“罗汉撞钟”、“南天门”、“金满斗”等。另有明初建文皇帝“西来面壁”石刻遗迹。明朝旅行家徐霞客登临游览后，曾于他的《游记》中赞叹此处“得天独厚”。
高峰山作为佛教弘法道场，始于元末明初。据寺中碑石记载：高邮秀峰禅师，云游贵州，见此山毓秀钟灵，实为佛门宝地，遂驻锡于此。经多方募化，陆续建成一座五楹两厢的禅院。秀峰和尚请经传法，一时间信士云集，香火旺盛。永乐四年(1406年)秀峰之后，其大弟子本体接任住持，高立法幢，大开戒坛，盛况不亚于其师在世之时。
明建文四年(1402年)，燕王朱棣起兵攻入南京，篡夺帝位，建文帝化装成和尚逃出皇宫，此后一直浪迹于西南各地。永乐十七年(1420年)至高峰山，拜晤本体和尚，语甚相契。本体为其建禅台于现今题有“西来面壁”四字的悬崖之下。据传这四字即为建文帝怕书，山门外原有二人合抱的两株银杏(已毁于“文革)亦为其亲植。建文帝写有许多诗词，并著有《从亡传》一部。乾隆年间安顺进士陈凤仪来游此山，瞻仰古禅台遗址，留诗一首：“金川门启帝阁空，天下云游寄梵丛。迹困缁流防病虎，山藏古寺卧潜龙。不堪回首六宫火，最是伤心十族忠。怪得文皇无觅处，托词犹说访三丰。”
本体圆寂后，其徒觉顺住持，觉顺圆寂后由昌照住持。至成化年间(1466-1478年)，万华禅院始衰。 清顺治七年(1650年)，川东双桂堂自然和尚来贵州，亲睹高峰天然胜景及建文遗迹，发心修复古寺。经十方信众鼎力支持，数年间禅院落成，开堂传戒，皈依弟子千余。迨至雍乾时期，每年收入逾千石，常住百余僧，可谓盛况空前。 咸丰年间，因太平天国战乱，禅院落遭火梵，百栋殿宇变成瓦砾。光绪二十九年(1903年)，贵阳了尘和尚应知县赵文炜之请，约集空月、原知二僧重振禅院，几年之后，万华禅院已初具规模。主要建筑有山门、接引殿、金刚楼、大雄宝殿、法堂、玉佛阁、韦驮殿、灵官堂、半山亭及两厢僧房，共46间，均为砖木结构，建筑宏伟，布局谨严，飞檐危阁，十分壮观。寺内供奉佛像四十余尊，另珍藏由日本所请《大藏经》一部，了尘大师精研佛理，尤擅诗词，在当时文坛颇负盛名，有《了尘文集》十本留世。
宣统元年(1909年)万华寺禅院成为十方丛林，始接纳大德。民国八年(1919年)广妙法师任禅院住持，新建藏经楼及僧舍。民国二十年(1931年)贵州省佛教会会长平刚法师推荐寺内慧海、道慧、寒竹、印法、明照等八人入“重庆汉藏教理院”学习，使僧众佛理水平得以提高。
民国三十一年(1942年)持省、定安两位高僧将丛林改为委员制，成立“贵州高峰佛学院”，邀请贵阳各寺院高僧、居士及寺内僧众举行会议，组织董事会，推举平刚为董事长，定安老和尚为副董事长，恭请中国佛教会会长。太虚任命刚从佛学院毕业的慧海法师来黔主持院务。慧海、印顺、玄哲几位法师分别任课。至1946年，川、滇、黔三省青年学僧来此就学者达五十余人。
1949年后，梵清、明轩两位和尚任住持，率十余僧众，自耕自食，农禅兼修。“文化大革命”期间，殿宇佛像被毁，僧众遭遗散。
1992年当地政府计划恢复万华禅院，礼请觉锐和尚前来主持寺务。此进的万华禅院，仅余僧人墓塔数十座，到外是断壁残垣，荆棘荒榛。觉锐法师民愿重建禅院，光复旧貌。在他的奔走宣传之下，四众弟子及有关部门慷慨解囊，大力襄助，首先修筑上山公路和祖师塔。觉锐法师不辞辛苦，每天参加劳动，指挥工程进度，监督施工质量。1995年，拟定了建设高峰山及万华禅院的十年规划。三年之内，接连建起了围墙、接引殿、大雄宝殿、法堂、藏经楼、闭关室及前后二院的两厢僧舍，新建17米高的地藏塔。左右两山的银崖峭壁上分别雕出六米高的石佛及“西方极乐世界”、“南无阿弥陀佛”等崖刻。此外，在山上还遍植杉树，绿化环境，点衬寺宇。如今的万华禅院已经面貌一新，殿阁巍峨，风景秀丽，不仅是贵州佛教活动的重要场所，也成为大坝附近的一大旅游胜地。
寺内现有墓塔24座，碑刻5块，另珍藏佛经6部，舍利数十粒。
