灵山寺位于海南海口琼山府城镇北，建于宋代称天南寺，元代改名天宁寺，明代1425年间因地震受损，后于1443年经知府程莹辟地300亩开始重建，特别是明善慧捐财重建观音阁及修正殿、普庵堂、四大天王等宫，其诸佛像皆金妆雕绘，寺宇充实，外观壮丽，成为海南规模最大的一座佛教寺院。知府匾其门曰：海南第一禅林。日军侵琼期间，强夺“天宁寺”为战地医院，寺内所有珍贵文物被洗劫一空。讲堂内元代“普庵铜钟”被日军劫运到广州。此时正逢日本战败投降,才有幸逃脱劫难被追回海南，存放在“五公祠”内。“文革”浩劫，彻底摧毁了“天宁寺”。
2001年海南省政府同意了当时的琼山市政府在灵山镇文化园异地重建天宁寺（因地改名为灵山寺）的请示，海南省民宗厅礼请山西五台山圆照寺方丈海信上师任灵山寺方丈。在方丈的带领下经多方努力建成后的灵山寺恢复了往日的风采，用地规模达357亩，建筑面积达20000㎡，省民宗厅颁发了宗教活动场所证书，并于2002年2月18日举行开光大典，正式对外开放。
2005年，灵山寺所在的灵山文化园因海南民源股份公司与海南灵山文化观光有限公司发生土地使用权及地上建筑物转让纠纷。2007年北京银丰投资有限公司取得了该块土地的使用权，要求寺院搬迁，灵山寺的佛像、法务、法器等所有物品于2007年底搬至府城镇丁村一仓库临时存放。
经灵山寺法师不懈努力，海口市民宗局领导、海口市政府领导的关怀下，市国土局于2009年8月将海口灵山镇海榆东线223国道20公里处、晋文水库西边29061.91㎡（43.59亩）土地无偿划拨给灵山寺作为异地重建用地。由海南省委统战部、省民宗厅与山西省委统战部、省宗教局协调礼请的五台山高僧海信上师主持重建工作，海信上师现任山西省佛教协会副会长、中国佛教协会常务理事，五台山大圆照寺、中台演教寺主持，师承能海上师、清海上师。
2011年元旦上午，在海口市灵山镇举行了隆重的迁址重建海口灵山寺奠基法会。前中国佛教协会副会长、山西省佛教协会名誉会长根通长老、山东省佛教协会会长明哲长老、中国佛教协会副会长、海南省佛教协会会长印顺法师、海南省佛教协会副会长宽恕法师、成道法师、中国佛教协会常务理事、山西白云寺悲寂法师、四川罗汉寺素全法师、三亚南山寺当家昌厚法师等大德，与来自海南本地以及山西、浙江、四川、河南等地的众多佛教僧众、居士欢聚一堂，共同参加形式隆重的奠基法会仪式。
