别传寺位于丹霞山中层。始建于清康熙元年(公元1662年)，李充茂把现址施舍出来建寺庙，请澹归主其事。澹归禅师是开山祖师，取灵山会上世尊拈花迦叶微笑之典故，名为“别传禅寺”，“别传”是指迦叶尊者所领会的心法乃是“教外别传”，不在文字之中，只能是佛与佛口传心印，后来请番禺海云寺天然禅师上山传法，一“海云寺”遥相呼应，禅文并举，诗唱偈和，为“不立文字，教外别传”做出了“目空今古道风孤，世出世间扶正气”的诠释。别传寺挟风云之势，禅风远播，鼎盛时住僧千众以上。万古丹霞，始得钟鸣板响，梵唱赞吟。曾与曹溪南华禅寺、乳源云门禅寺鼎足而立，成为粤北著名禅寺。
别传寺自建成后曾几经兵劫和火灾，许多殿宇只留下遗迹。只有残存于山门石壁上刻的大字“丹霞”、“至此心隐心”、“法海慈航”、“诞先登岸”、“禅林第一”、“红尘不到”、“赤城千仞”等。1980年，本焕禅师到此住持，募集了港澳和海内外同胞的捐款，重建了别传禅寺。其中包括大雄宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼、禅堂、念佛堂、三圣殿、观音堂、菩提精舍、客堂、斋堂以及僧舍等十多座建筑。这些建筑背靠长老峰，面对云海，前后相连，左右对称，浑然一体红墙黄瓦，斗拱飞檐，古朴而庄严。别传寺的修复，佳音传四海，友谊遍天涯，海内外佛教人士慕名而来。上海、辽宁、湖北、四川及广州、顺德、中山、香港、澳门等地的信徒来拜佛、访师、叩首、献香。1984年5月4日(农历四月初四)开光，中外佛教徒络绎不绝，给丹霞山风景区更添光彩，远在美国的本焕法师的师兄寿冶法师，也不远万里风尘仆仆前来朝拜。1986年3月11日，原全国政协副主席、中国佛教协会主席赵朴初在省、市有关领导的陪同下，看望了本焕法师，游览了丹霞风景，当他看到丹霞风景秀丽，庙宇庄严，欣然提笔作诗：“群峰罗立似儿孙，高坐丹霞一寺尊。定力能经桑海换，丛林尚有典型存。一炉柏子参禅味，七碗松涛觅梦痕。未得遍行堂集看，愿将半偈镇山门。”
经过多年努力，先后修建了大雄宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼、禅堂、僧舍、客房等。90年代末，仁化县政府将丹霞山半山万余平方米土地和旅游设施移交给别传寺，使别传寺佛事活动场所进一步行扩大。目前，别传寺佛事场馆仍在不断扩建之中。
目前的别传寺红墙碧瓦，斗拱飞檐，古朴而庄严。全寺背靠悬崖，面对云海、姐妹峰、童子拜观音、茶壶峰、朝天龙，诸峰时隐时现，令人有飘飘欲仙之感。寺院附近有水清如镜的“玉池倒影”；两树相连为一体的“鸳鸯树”；青葱悦目的“龙盘翠竹”；花香迷人的“双池碧荷”，还有观摩台、天然岩洞等名胜，确是一处人间仙境。别传寺现住有僧人近百人。他们在进行正常的佛事活动的同时，每天都要主持接待世界各地前来观光、游览、拜佛的游人和香客，香火鼎盛，对丹霞山旅游事业的发展起到了一定的促进作用。 每年农历九月十三，别传寺都举行一年一度的水陆道场法会。别传寺的佛事活动相当频繁，重要的有梁皇忏、万佛忏、净土忏、地藏忏、大悲忏、水忏、药师忏、焰口、普佛、水陆道场等，在诸多的佛事活动中，规模最大、影响最广的就是水陆道场。
据佛教史料记载，水陆道场是由瑜伽法食演变而来的。瑜伽法食起源于公元前2533年的古印度，南北朝时期传到中国。梁朝天监年间，梁武帝为祭祀病故的皇后娘娘，召集十万僧众，由大名鼎鼎的宝志公禅师当司仪，大举佛事，超渡皇后到极乐世界。以后，每当大寺院举行大的佛事活动时，梁武帝便带领皇亲国戚、朝廷官宦，车水马龙、浩浩荡荡地到寺院里，虔诚地和僧尼们朝圣、祈拜。梁武帝继承了释伽牟尼十大弟子之一阿难尊者的瑜伽法食遗仪，博采佛教各大流派的精华，在佛教开创了水陆道场。 宋代文学家苏东坡认为，水陆道场的慈悲之举，功德广大无边，人人都要尊崇水陆道场。他还作诗十六首，歌颂水陆法会。从此以后，在相当长的历史时期内，上至帝王将相，下至黎民百姓，没有不尊崇水陆道场的。
佛教水陆仪轨中说“恩沾存殁，德被人天，总报四恩，感资三有，使法界众生同园种智，如此祈祷，必蒙冥加”，充分体现了水陆道场的宗旨：一是拯救六道(天、人、地狱、阿修罗、恶鬼、畜牲)，沉沦众生，祈祷世间和平，使一切生物脱离苦海；二是警醒世间的邪见，使众生得到正见，改造一切迷途，使众生获得正等正觉。
释本焕禅师坐禅别传寺后，亲手创办了水陆道场。1986年10月16日(农历九月十三)，是别传寺创办水陆道场的第一天。这一天，来自全国及港澳、海外的僧尼信徒2000多人参加水陆法会。下午3时正，钟鼓楼发出了清越的钟鼓声，数百名僧尼身披袈裟汇集在一起。寺内到处是香、烛、花、灯，庄严而又华丽的如来幡安插在大雄宝殿两旁，场面十分壮观。僧尼们合十唱经，朗朗的经声之潮拍打着秋日的晴空。善男信女手持香火，在佛像前虔诚地祈祷、还愿。按水陆仪轨规定，一堂水陆道场历时七天，释本焕禅师为弘扬佛事，从农历九月十三至廿八日连续举行了三堂水陆法会，为别传寺振兴佛事奠定了基础。
别传寺举行的水陆道场严格遵照水陆仪轨的仪式，共设内坛、大坛、华严坛、楞严坛、净土坛、诸经坛等七个经坛。大佛事分净坛、大会会经、正式开始水陆法会仪式三大步骤进行。主要内容有结界、发符、悬幡、请上堂、上堂沐浴、上堂安位、供上堂、告赦、请下堂、说冥戒、供下堂、上圆满供、烧圆满香、送判宣疏、送圣符。
