崇庆寺原位于江西新余县城西门外百步许(即今新钢总厂苗圃内)。隋朝大业(611年)，邑人唐兴舍宅为寺，名唐兴寺。宋开宝(968-976年)间改为安和寺，太平兴国五年(980年)赐“崇庆寺”额。因近龙泉，故称龙泉山。元代中后期，崇庆寺进行了维修。诗人傅若金在他的两首纪游诗中，盛赞新修的崇庆寺“绀柱明蛛网，青莲映玉台”、“半岭晨飞锡，诸天昼夜花”的庄严妙景。元末壬辰年(1352年)寺庙毁于战乱。明洪武三年(1370年)重建前天王殿、大雄殿、后毗卢阁、花雨台、左右钟鼓楼。东接兰堂书社，西枕木鱼山冈，最为一邑之胜。邑人刘松有联句咏曰：“龙泉寺古山连郭，花雨堂虚月到钟。” 明代前期，这里留下了出尘人与读书人相识相知，携手共修毗卢阁的佳话。这位出尘人为巢溪张氏子，号岩石，性恬适，有古人风；并且禅修自足，以如来相证如来果。他当时任寺中住持。而这个故事中的读书人则是入仕前的大理寺少卿张固，因常来寺中，与岩石相识。岩石总是说：“僧(自称)颇识人。”劝张固读书砺行，并劝到了谆谆不倦的程度。张固感佩他的真诚，遂以寺中毗卢阁为憩息之所，发奋读书。自此，岩石待张固更加礼恭意恳。不久，张固考中举人，岩石仍希望张固能百尺竿头更进一步，并自许自己的见识、谋略得到验证。宣德四年(1429年)张固又考中进士，当亲科进士琼林宴后，岩石更是大张旗鼓地驰书张固留一言作为纪念。张固却谦虚地推辞说：“宝刹历代胜境，其址不俟增扩，龙象无烦增饰，”我为什么留志呢？而且县内诸君子早已以诗文播扬老师的佛法，又何事留志呢？岩石却说：我即入空门，虚名却非所尚！况且我于先生，虽不干说有知人之哲，然而相识一语，何可不传，“抑且俾后人作达观想。”由此两人合计整修毗卢阁，以示不忘。张固捐资命匠，岩石负责施工，数月之间，便告竣工。游观其中，只见毗卢阁前接大雄宝殿，西枕于本寺之木鱼山，后临花雨台，东映乎本寺之兰堂书舍，四境联络，巧若天成。张固喜不自禁，携岩石之手说：“师前以此居我，我兹还以是为老师憩息所，即写此相识，快乎不快？岩石说：“必刻石以垂不朽。”于是张固挥毛写下《重修毗卢阁碑记》，刻石立于毗卢阁前。
尔后，太仆丞张春曾于一天傍晚登临毗卢阁，赋诗赞美夕照崇庆寺、月满毗卢阁的佳景，有“攀林踏阁招同调，步月看云非异乡”之句。崇祯间(1628-1644年)增建武当行宫于寺后。明末清初，屡经兵燹，殿庑十存一二。康熙壬戌年(1682年)又遭火灾，古迹一空。康熙丁卯(1687年)吉州僧玉璞驻锡于此，首先修复毗卢阁。次年又募建大雄宝殿及前殿上下左右廊房，山门佛像焕然一新。同时手植林木，增置赡田，复置猪豕凌，作为本寺来龙山的分脉，以为寺境。康熙戊寅(1698年)春，知县李廷宰在寺西旧址建亭，有一个夏日，李廷宰下乡劝课农桑，来到寺中，诗兴勃发，称赞寺景曰：“青山四面开禅境，翠竹千竿静法王。”此后，知县张景苍复建寒碧亭于山后。张景苍对佛学颇有心得，曾斋宿寺中，看了孝廉赵帝云题于壁上的诗文，于是依照赵用韵的次序，写下了四首唱和诗。诗中以景化情，有“露从清处远，花在静中香”等富含禅意的佳句。由于崇庆寺为天地灵秀之气之所钟，故为新余县历代胜境，吸引许多文人雅客前来，留下了不少妙言丽句，如“霜气欺人催菊老，磬声流连不忍归”(《张钟瀛过崇庆寺步壁间韵》)“满院翠帷参玉版，弥天花雨界金绳”(《李曰琯庚午首春饭崇庆禅林作》)。
我国近代著名画家傅抱石先生，祖籍新余，其早期作品均以崇庆寺为景，他以“师古人之心，不师古人之迹”的指导原则，在传统与革新之中独具建树，开创了我国“国画”流派新纪元。
2001年新余市将崇庆寺迁建到市城北仰天岗的九龙坡，四周环山、气势灵奇，同年6月礼请江西省佛教协会通能法师(法号道云)来新余主持重建工作。承蒙省、市、区各级领导的高度重视和大力支持及本寺两序大众、海内外诸山长老、渝水区佛教居士林等十方檀越信众的积极护持。于2002年底完成了第一期工程(大雄宝殿、斋堂、僧寮、海会塔)建设，2005年第二期工程(天王殿、山门、钟楼、七宝池)竣工，目前，常住僧众达20余人。为提高僧人素质，选派了数名年青僧人到福建、广东佛学院学习。寺院僧众除坚持早晚功课、过堂、坐香、诵戒、出坡等共修外，还注重自修诵经、念佛……。寺院管理严格按丛林规制逐步完善，几年来，在搞好寺院各项建设的同时，积极参与震灾助学等社会公益事业。 2005年7月10日，全国政协常委、江西省政协副主席、中国佛教协会会长、江西省佛教协会会长一诚长老亲临崇庆寺视察，得到了他的首肯和赞叹，并撰作对联：“崇祖训建丛林龙泉新址启佛域；庆盛时立规制古刹重兴叩圣钟”。
自重建以来，通过寺院两序大众及檀越信众的积极努力和护持，曾评为省级“五好”宗教活动场所，并列为省级重点寺院，成为新余佛教兴盛发展的重要点范。
