在思明区思明南路南端，五老峰山下。是寺前身称“普照寺”，又称“普照院”。明万历《泉州府志》云：“普照院，在嘉禾里二十二都海岛中五峰山。五代僧清浩建。洪武乙丑(抄者按：即洪武十八年，1385)僧觉光重建。”清乾隆《泉州府志》云：“普照院，在厦门海岛五峰中。五代僧清浩建，初名‘泗洲’，治平间(1064—1067)改今名(按治平间为僧文翠居此，改称无尽岩，旧志均无改称普照院之说。上述改普照之说，出于何乔远《闽书》将觉光断臂和尚之称，移称文翠为断臂和尚之误。详见本志《概述》)。元至元间(1264—1294)废。明洪武间(1368—1398)，僧觉光复建……”。 明代后期，寺田为豪右兼并，钱粮不足缴国课，岁入不足供香灯，至崇祯中(1628—1644)，住持僧了蕴几欲弃寺而去。泉州开元寺诗僧明光来厦驻锡，与名士阮旻锡、叶名高等唱和，交往甚密，因得诸名士支持，乡绅太常寺卿林宗载将其家族所购寺产一石八斗田地归还寺院，使普照寺香灯不灭，振作中兴，殿堂初具规模。
明末清初，普照寺毁于兵燹。清康熙二十二年(1683)，靖海侯施琅收复台湾后驻厦门，就普照寺旧址复建殿宇，并增建大悲阁，辟为观音菩萨道场，与浙江普陀山观音道场相类比，改称为“南普陀寺”。聘请临济宗三十五世传人慧日法师为开山第一代祖师。此后，经历代住持僧如渊、景峰、省己、真衷、喜参等，以及兴泉永道道尹胡世铨等地方官员，多次募资新修扩建。到光绪二十一年(1895)，已建成“三殿七堂”，具备中等禅寺规模，居厦门岛上诸佛寺的首位。 南普陀寺历来是临济宗喝云派下子孙寺院。民国十三年(1924)，喝云法裔住持转逢和尚，立意将南普陀寺献为十方丛林，经商请本派系诸山长老和两序僧众的同意，按“选贤任能”的丛林规制，推举黄蘗宗系的会泉和尚为首任方丈。第二年，会泉在转逢的支持协助下就寺中创办闽南佛学院。聘请安徽常惺法师担任学院副院长，全面负责学院教育工作。二十三年又接受弘一法师的倡议创办佛教养正院。从此，南普陀不仅成为迎纳十方高僧大德的丛林禅寺，同时也成为省内外青年学僧向往的参修学苑。海内高僧大德云集，十方参修学僧竞聚。禅林学苑并此称盛一时，驰名中外。
民国十六年(1927)，会泉首届方丈任满，自请退居，公推太虚大师继任方丈兼学院院长。当时太虚正担任中国佛教会主席职务，对推行佛教改革和改进僧伽教育极为重视。他来厦门就职后，聘请大醒、芝峰、寄尘诸法师来闽南佛学院负责教务工作。大醒诸师追随太虚多年，是太虚推行佛教改革的得力助手，对僧伽教育也有一定的实践经验。他们来任后，将禅寺和学院作为他们推行佛教改革和改进僧伽教育的实验基地，积极开展工作，并于十七年创办《现代僧伽》杂志，以广宣传，在国内外产生较大的影响，引起海内外佛教界的重视。 民国二十一年(1932)，太虚大师蝉联两任方丈期满引退，众推常惺继任方丈。二十五年常惺任满，由性愿代方丈职务。不久，性愿应聘南渡菲律宾宏法。丈席仍由性愿虚挂。
民国二十六年(1937)，抗战爆发，南普陀寺一度被驻军占住。时战火日迫厦门。闽南佛学院遭日机轰炸，寺中住僧和学院师生纷纷避入内地或出国。二十七年5月厦门沦陷后，先后由觉斌、会觉住持。但此时寺院已是僧众稀落，寺宇萧条，战前的盛况已成为过眼烟云和历史陈迹。
抗战胜利后，避居内地或出国的僧众陆续复员归寺。民国三十六年(1947)，公推广心和尚任方丈。三十七年，南普陀寺为性愿法师六十大寿举办三坛传戒大法会，来自海内外求戒的缁素佛教徒1000多人参加受戒大典。济济满堂，极一时之盛。但不久由于时局紧张，集居僧众又烟消云散，南普陀寺又复凋零。
新中国建立后，人民政府先后拨出巨款翻修寺宇殿堂，还在寺的右侧开凿“般若池”，后山新建转逢、会泉和尚的纪念塔。寺僧通过学习国家政策，提高政治觉悟，自觉地参加建国初的各项爱国运动，开展生产劳动以自食其力；同时将原来的佛教养正院改办为养正义务小学，免费招收附近学童入学。1958年，厦门对佛教寺院进行合并，各寺僧众集居南普陀寺。1966年“文化大革命”中，寺中宗教设施受到严重破坏，寺院住僧遭受猛烈冲击，纷纷离散，另谋生路。
1980年，中共十一届三中全会召开以后，国家“拨乱反正”，全面落实宗教政策，南普陀寺再次发展兴盛起来。1982年，南普陀寺成立管理委员会，妙湛和尚任管委会主任兼任寺务监院，1988年又由厦门佛教协会公推为南普陀寺第八任方丈。妙湛和尚升座后，妥善安置十年流散来归的僧众，重整禅林法规，主持翻修扩建寺宇，复办闽南佛学院，使千年古刹重放光彩，迎来一派兴隆发展的新气象。
1994年12月，成立南普陀寺慈善基金会，是为中国大陆佛教寺院创办的慈善机构之首。
1995年12月，南普陀寺方丈、厦门市佛教协会会长妙湛老和尚圆寂，翌年8月，两序大众一致推选全国佛教协会副会长圣辉大和尚为南普陀寺第九任方丈，12月，新任方丈圣辉大和尚率领监院理文法师、定恒法师前往新加坡、日本、香港开展弘法和访问活动。1998年5月27日至6月4日，南普陀寺启建50年来规模最大的水陆大法会。9月5日，在南普陀寺的盂兰盆法会上，圣辉大和尚发起对长江、嫩江、松花江等灾区捐献救济。1999年4月，荷兰女王贝娅特丽克丝一行来寺参观访问，方丈圣辉大和尚热情接待。5月，圣辉大和尚参加中国佛教代表团，护送佛牙舍利至香港供众瞻仰。2000年元月，圣辉大和尚蝉联南普陀寺第十任方丈。是年接待丹麦首相斯穆森、韩国佛教界、厄瓜多尔国民议会、罗马尼亚议长昆图斯及夫人等国家访问团。
自20世纪80年代以来，由政府拨款和海外佛教界缁素人士捐助巨资，对南普陀寺进行全面的翻修扩建和新建。新建工程有：寺外左右两侧两座巍峨的花岗岩大山门；砌造环绕全寺四周的大围墙，寺前开凿莲花池，池畔增建池亭水阁和七座白石宝塔；天王殿前两座高耸的东西万寿宝塔，塔身通体洁白，蕴含生气，象征佛禅境界；双塔分立在天王殿前两侧，俯览全寺，不仅成为规范全寺的坐标，也填补了千百年来厦门岛上有寺无塔(指大佛塔)的历史空白；寺宇中轴线东侧拓建海会楼、普照楼和素食馆、僧舍，西侧新建、拓建方丈楼、太虚图书馆、学院教学楼、师生宿舍楼、佛教协会办公楼；西外侧坡地上新建两座雅静的上客堂楼房；1993年，在寺右原般若池侧兴建一座造型新颖、结构严谨的八角琉璃黄瓦的三层大禅堂，左右“班首楼”、慈善大楼；寺后山上增建“圆通陵园”，景峰、喜参、妙湛、广洽几位和尚的舍利塔，苏亭、衡阳亭、卢亭等；近年新建的太虚大师舍利塔，屹立于全寺最高处的山阳上，塔上题铭、刻像和勒石题词皆出自当代高士名人手笔，赞颂大师生平行迹，以供后人瞻仰，俾使一代高僧与名山古寺同为不朽。
10多年来，南普陀寺新建、拓建的楼、院、亭、阁，建筑总面积相当原来寺宇的一倍以上。在总体规划中力求布局严整，规格统一。寺内所有新建、拓建的楼、堂、院、舍，以及园林设计的亭、榭、台、阁，莫不以中轴线上的大雄宝殿为依归，有如众星拱月，高低起伏，错落有致，檐牙雀角，遥相呼应，形成一个宏伟的整体，既突出梵宇琳宫的崇伟庄严，又不失山水园林的秀丽雅趣。
五老峰，原为厦门岛上八大胜景之一，雅称“五老凌霄”。名山古寺，早已驰名中外，为海内外游客、信众旅游朝拜的胜地。厦门辟为经济特区后，国内外各界人士交流往来日益频繁，来自世界各地和国内四方的游客、信众络绎不绝。据统计，近年来南普陀寺每年接待来自海内外的信徒、游客、嘉宾均在200万人次以上。
20世纪80年代以来，党和国家主要领导人，每来厦门视察，南普陀寺成为其必到之地，如李先念、赵紫阳、华国峰、刘华清、乔石、胡启立、王汉斌、王光英、倪志福、叶飞、阿沛·阿旺晋美、乃至方毅、田纪云、谷牧等副总理以上的国家领导人，先后来此视察达30多人次。
此外，还有许多友好国家的首脑人物先后来南普陀寺参访，如丹麦王国首相拉斯穆森、荷兰女王贝娅特丽克丝、泰国副总理苏帕猜、泰国王储玛哈立集拉隆功、马耳他共和国总统巴巴拉、柬埔寨主席诺罗敦·西哈努克亲王夫妇等等。为做好对中外往来嘉宾和各地游客的接待，南普陀寺内增置多种为旅游服务的设施，如高雅的客堂、清净的茶室、供应旅游物资的商店等。其中最受游客称誉的还有南普陀寺的“名厨素菜”。南普陀寺的名厨素菜独树一帜，名闻中外，素菜遵循佛教素食的传统，坚持素菜、素料、素作和素名的严格要求，所做菜肴，质料纯净精美，色、香、味、形俱全，命名清新高雅，宴会厅布局雅致，不仅得到海内外游客的高度评价，也激发许多文人高士的豪情雅兴，为佳肴美味题诗命名，如当代诗人郭沫若为菜谱题诗命名的“半月沉江”，中国佛协会会长赵朴初题名的“丝雨菰云”。佳馔名题相媲美，更是脍炙人口，中外驰名。
